Microsoft ExcelでCSVファイルを編集する場合、「0001」 のように「0」から始まる数字を入力しても、自動的に先頭の「0」が削除されて「1」に置き換わるようになっています。
そのため、以下の手順にて数値の書式を変更したうえで入力してください。

手順

1. 「0」から始まる数値を入力したいセル、あるいは列を選択。
2. 「ホーム」タブの「数値」グループにある「数値の書式」プルダウンメニューから「文字列」を選択。
   ※初期状態では「標準」と表示されています。
3. セルに値を入力し、CSVファイルを保存。